江戶川柯南失蹤事件：史上最糟糕的兩天 DETECTIVE CONAN Missing Conan Edogawa Case～His History’s Worst Two Days

為了紀念連載 20週年而製作的特別篇動畫! 這是一部前所未聞的超級特別作品， 喪失記憶的柯南即將面臨的命運是什麼．．．??
本特別篇指令碼由執導過日本電影「落KEY人生」的導演「內田健二」擔當，(本片曾獲日本第37屆報知映畫賞最佳影片及第36屆日本電影學院獎最佳編劇)實現跨次元合作，精采可期!
賣座電影與人氣動畫跨界攜手，共同引發奇蹟的化學效應!!
延攬更豪華級的聲優陣容加入：包括香川照之、廣末涼子!!
再度延攬劇場版音樂班底：倉木麻衣 獻唱主題曲「DYNAMITE」，音樂由大野剋夫擔綱!

由於阿笠博士家的浴室在進行整修，柯南於是跟著毛利蘭、灰原哀一同來到大眾澡堂洗澡，卻在澡堂意外滑了一跤而失去意識。這時候，有兩名男子自告奮勇開車載柯南送醫急救，其實他們兩人包括凶惡殺手近藤，當時正好在澡堂祕密完成了某項任務，卻因為對柯南有所顧忌而決定將他帶走。只是當柯南恢復意識醒過來時，卻因跌跤時頭部所受之重擊而喪失了記憶。

另一方面，一位名為香苗的女訪客來到了毛利偵探事務所，目的是委託調查外遇。對美女完全沒抵抗力的小五郎，跟隨香苗一同前往原本從事便利屋的丈夫的工作地點，小五郎也因此看到了香苗丈夫的照片，照片上的人正是近藤……。

失去記憶的柯南、爆彈恐怖事件所帶來的恐慌，以及乏人問津的貧窮演員櫻井又再次被捲入事件中！到最後一刻都不能錯過的好戲，事件的結果將會如何發展下去！？